Como da primeira edição do Atlas, procurou-se dar ênfase à proteção de espécies ameaçadas, raras e endêmicas ao Estado, uma vez que a conservação de seus hábitats salvaguarda outras espécies e, inevitavelmente, contribui para a conservação dos ecossistemas (Glowka , 1996). Uma vez definidas como prioritárias, as áreas foram classificadas nas seguintes categorias de importância biológica: especial, extrema, muito alta, alta e potencial. Os critérios utilizados como base para essa classificação foram:
Importância biológica especial (em verde): áreas com ocorrência de espécie(s) restrita(s) à área e/ou ambiente(s) único(s) no Estado;
Importância biológica extrema (em vermelho): áreas com alta riqueza de espécies endêmicas, ameaçadas ou raras no Estado e/ou fenômeno biológico especial;
Importância biológica muito alta (em laranja): áreas com média riqueza de espécies endêmicas, ameaçadas ou raras no Estado e/ou que representem extensos remanescentes significativos, altamente ameaçados ou com alto grau de conservação;
Importância biológica alta (em amarelo): áreas com alta riqueza de espécies em geral, presença de espécies raras ou ameaçadas no Estado, e/ou que representem remanescente de vegetação significativo ou com alto grau de conectividade;
Importância biológica potencial (em branco): áreas insuficientemente conhecidas, mas com provável importância biológica, sendo, portanto, prioritárias para investigação científica.
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